यूं तो पौधों की जड़ें, जल और उसमें घुले खनिज लवणों के अवशोषण के लिए जानी जाती है. जड़ें पौधों को जमीन में सीधा खड़ा रखती है और तेज हवा, पानी आदि के बहाव में बह जाने से रोकती हैं. इसके अलावा पौधों की जड़ें एक अन्य महत्वपूर्ण काम करती है जिससे अधिकांश लोग अनभिज्ञ हैं. यह खास काम है पौधों के मित्र सूक्ष्मजीवों को रहने के लिए स्थान प्रदान करना और उन्हें आवश्यक पोषक प्रदान करना.

पौधों की जड़ें इन खास सूक्ष्मजीवों के लिए खास पोषक पदार्थों का स्त्रावण करती हैं जिससे आकर्षित होकर लाभदायक सूक्ष्म जीव जड़ों के आसपास आकर रहने लगते हैं. इन सूक्ष्मजीवों की जैविक क्रियाओं से पौधों को कई प्रकार के जरुरी बायोकेमिकल प्राप्त होते हैं (जैसे की खास हॉर्मोन और वृद्धि नियंत्रक). पौधों के जड़ों के आसपास बसे खास सूक्ष्मजीव कठिन रूप से घुलनशील खनिजों को आसानी से घुलनशील रूप में परिवर्तित कर देते हैं जिसका लाभ पौधों को मिलता है (जैसे फॉस्फेट घोलक सूक्ष्मजीव, पोटाश घोलक और सल्फर मोबिलाइज़र अदि). एजोटोबैक्टर नामक बैक्टीरिया पौधों की जड़ों के आस-पास ही रहता है और हवा की नाइट्रोजन को अमोनियम रूप में परिवर्तित कर पौधों के उपलब्ध कराता है कुछ सूक्ष्मजीव तो पौधों की जड़ों के भीतर अपना आश्रय पाते हैं, जैसे राइजोबियम. यह एक खास प्रकार का संबंध है जो खास प्रजाति का पौधा एक खास प्रजाति के राइजोबियम के साथ ही बना सकता है, हर प्रकार का राइजोबियम हर प्रकार की दलहन फसल के साथ संयुक्त नहीं हो सकता इसलिए एक ही राइजोबियम हर फसल के लिए लाभकारी नहीं है.

एक लाभदायक फफूंद जिसे वैम यानी वैस्कुलर अर्बस्कुलर माइकोराइजा कहा जाता है, पौधों की जड़ों की कोशिकाओं के भीतर अपने अर्बस्कुल फैलाता है. वैम भूमि के अंदर उन जगहों से भी पानी और खनिज लवण खींचकर पौधों को पहुंचाता है जहां पौधों की जड़ों की पहुंच नहीं हो पाती. बदले में पौधों की जड़ें माइकोराइजा को कार्बन यानी शर्करा उपलब्ध कराती हैं.

वैसे तो पौधों और लाभदायक सूक्ष्म जीवों का संबंध प्राकृतिक है परंतु प्रकृति सिर्फ लाभदायक सूक्ष्म जीवों का फेवर नहीं करती. उसके लिए लाभदायक और हानिकारक सूक्ष्मजीवों में अन्तर नहीं है, दोनों को बराबर का मौका देती है. देखा जाए तो, प्रकृति में हानिकारक सूक्ष्म जीव ज्यादा तेजी से बढ़ते और फैलते हैं क्योंकि लाभदायक सूक्ष्म जीव बिना मित्र पौधों के भी जीवित सकते हैं, परंतु हानिकारक सूक्ष्म जीवों का एकमात्र भोजन जीवित पौधे ही होते हैं, इसलिए समय रहते फसल के पौधों में लाभदायक सूक्ष्म जीवों का इनोकुलेशन समझदारी भरा और बहुत लाभदायक कार्य है. यह क़दम खेती की कुल लागत का बहुत बड़ा हिस्सा बचा सकता है साथ ही  पैदावार में उल्लेखनीय वृद्धि करता है. पौधों की रोग रोधी क्षमता और भूमि के के स्वास्थ्य की रक्षा भी करता है.

 


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